Прошло 3 года с того момента, когда погиб Джирайя. Многое изменилось в повседневной жизни Коноховцев - они стали выполнять намного больший объём миссий, так как количество шиноби деревни значительно уменьшилось после битвы с Лидером Акацуки. Пейн, вместе со своей "посланницей" напал на селение скрытого Листа, но не сумел победить Узумаки Наруто. После поражения от этого шиноби, первого поражения в жизни Пейна, Нагато узнаёт о существовании Соры - псевдо-джинчуурики. Он отправляет Зетсу на поиски и поимку Соры, после чего "куст" возвращается с потерявшим сознание шиноби. Оставшиеся Акацуки вместе с Учихой Мадарой и младшим Учихой - Саске, а так же "Ястребом" запечатывают в статуе Короля Ада частицу духа Девятихвостого, которая находилась в Соре, после чего второй умирает. Таким образом Акацуки стают единовластным правителем мира. Но Узумаки Наруто и его друзья не сдаются! Они ищут силу, о которой Джирая написал в одной из своих первых книг, силу Свитка Огненного Храма... Но как нам известно, Храм был разрушен Хиданом и Какузу... но всё же ещё есть надежда найти этот Свиток в окрестностях Храма Огня... и тогда наконец закончится трёх летнее правление преступной организации. Но Акацуки так же усиливаются, Пейн с помощью одного из своих тел оживляет Дейдару-семпая и Учиху Итачи, а Хидан через много лет восстаёт из завала камнями, который ему устроил Нара Шикамару. Итак, Акацук теперь 11. Братья из клана Учиха воссоединились, а у Саске пропала цель очередной мести. И ближайшим временем... Итачи и Саске... планируют пристать к Конохе, дабы положить конец правлению Акацуки раз - и навсегда!